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Dockerfile
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# Basic image
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FROM ubuntu:16.04
MAINTAINER Chong Simon Chu ([email protected]), Michele Berselli ([email protected])
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# General updates & installing necessary Linux components
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RUN apt-get update -y && apt-get install -y \
bzip2 \
gcc \
git \
less \
libncurses-dev \
make \
time \
unzip \
vim \
wget \
zlib1g-dev \
liblz4-tool \
python3-pip
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# Setting working env
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WORKDIR /usr/local/bin
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# Software
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## conda and pysam
RUN wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh && bash Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh -p /miniconda -b
ENV PATH=/miniconda/bin:$PATH
RUN conda config --add channels r \
&& conda config --add channels bioconda \
&& conda install -c conda-forge libgcc-ng \
&& conda install -c bioconda samtools==1.6 \
&& conda install -c bioconda bwa==0.7.17 \
&& conda install pysam==0.17.0 sortedcontainers==2.4.0 numpy==1.22.3 pandas==1.4.2 scikit-learn==1.0.2 -y
## deep-forest
RUN pip install deep-forest==0.1.5
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# Scripts
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## xTea
RUN git clone https://github.com/parklab/xTea.git && \
cd xTea && \
git checkout v0.1.9 && \
cd .. && \
cp -r xTea/xtea/* .
RUN rm -rf xTea
RUN chmod +x *.py
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# Setting env variables
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## Supporting UTF-8
ENV LC_ALL=C.UTF-8
ENV LANG=C.UTF-8
CMD ["ls /usr/local/bin"]