CheckTargets.m

function CheckTargets(MRS_struct)

filepath = fullfile(fileparts(which(mfilename('fullpath'))), 'GannetPreInitialise.m');
msg      = 'Incorrect targets entered in GannetPreInitialise.m. Check spelling, allowable options, and order of targets.';
msg      = hyperlink(['matlab: opentoline(''' filepath ''', 4, 0)'], 'Incorrect targets entered in GannetPreInitialise.m', msg);

switch num2str(length(MRS_struct.p.target))
    case '1'
        if any(strcmp(MRS_struct.p.target, {'GABA', 'Glx', 'GABAGlx', 'GSH', 'Lac', 'EtOH'}))
            if MRS_struct.p.phantom && strcmp(MRS_struct.p.target, 'GABAGlx')
                fprintf('\n');
                error(msg);
            end
            if MRS_struct.p.HERMES
                msg = 'MRS_struct.p.HERMES is set to 1 in GannetPreInitialise.m. Add a second target metabolite or set flag to 0.';
                msg = hyperlink(['matlab: opentoline(''' filepath ''', 4, 0)'], 'Add a second target metabolite', msg);
                msg = hyperlink(['matlab: opentoline(''' filepath ''', 33, 0)'], 'set flag to 0', msg);
                fprintf('\n');
                error(msg);
            end
        else
            fprintf('\n');
            error(msg);
        end
    case '2'
        if any([all(strcmp(MRS_struct.p.target, {'GABAGlx', 'GSH'})) ...
                all(strcmp(MRS_struct.p.target, {'GABA', 'GSH'})) ...
                all(strcmp(MRS_struct.p.target, {'Glx', 'GSH'})) ...
                all(strcmp(MRS_struct.p.target, {'Lac', 'GSH'}))])
            if MRS_struct.p.phantom && any(strcmp(MRS_struct.p.target, 'GABAGlx'))
                fprintf('\n');
                error(msg);
            end
            if ~MRS_struct.p.HERMES
                msg = 'Two target metabolites detected. MRS_struct.p.HERMES must be set to 1 in GannetPreInitialise.m.';
                msg = hyperlink(['matlab: opentoline(''' filepath ''', 33, 0)'], 'MRS_struct.p.HERMES must be set to 1', msg);
                fprintf('\n');
                error(msg);
            end
        else
            fprintf('\n');
            error(msg);
        end
    case '3'
        if all(strcmp(MRS_struct.p.target, {'EtOH', 'GABA', 'GSH'}))
            if ~MRS_struct.p.HERMES
                msg = 'Three target metabolites detected. MRS_struct.p.HERMES must be set to 1 in GannetPreInitialise.m.';
                msg = hyperlink(['matlab: opentoline(''' filepath ''', 33, 0)'], 'MRS_struct.p.HERMES must be set to 1', msg);
                fprintf('\n');
                error(msg);
            end
        else
            fprintf('\n');
            error(msg);
        end
end

end